Från och med krigsutbrottet blev all flygning med motorflygplan från Jönköpings flygfält förbjuden. Den tidigare på sommaren inköpta Klemm 35 SE-AIM fick inte länge stå till klubbens förfogande. Liksom många av klubbmedlemmarna inkallades den till militärtjänst. (En modell av SE-AIM förvaras nu på klubben. Den är byggd och skänkt av Stig Holmström. Stig var en av de som flög SE-AIM under dess tid på Ljungbyhed.)

Det blev nu modellflyg och glidflyg som fick tillfredställa Jönköpingsbornas behov av att flyga. Klubben hade sedan tidigare två glidflygplan; Loppan och Zögling , och den 31 oktober 1939 meddelade Luftfartsmyndigheten att dessa fick användas för gummirep- bil- och vinschstart.

För denna verksamhet behövde man emellertid bensin till bogserbilen och vinschen. En anhållan om 50 l bensin för att kunna bedriva utbildning i glidflygning avslogs emellertid med motiveringen att klubben ej hade något gilltigt tillstånd för sådan utbildning. Efter att KSAK godkänt en utbildningsplan och en utbildningsledare fick man tilldelning av en mindre kvantitet bensin och kunde fortsätta glidflygandet. Detta tillstånd följdes sedan minutiöst upp och måste förnyas varje år för att få fortsätta med utbildningen. Ett A- eller B-diplom kostade vid den här tiden 25:- Till detta kom en kostnad av 1:- per start. Även den som avlagt diplom och ville skaffa sig mer flygträning betalade 1:- per start.

Mer problematiskt blev det för bogserbilens gummihjul några år senare. Här en passus ur ett brev som anlände till flygklubben den 3 augusti 1943.
"...Sedan Ni genom Kungl. Svenska Aeroklubben sökt tillstånd att för angivet ändamål få bruka personbilen, F 3377, tillhörande gummiutrustning får Statens Industrikommission meddela, att Eder ansökan icke bifallits...Ni torde därför insända gummiutrustningen till reservdelsförrådsnämnden i enlighet med Kommissionens skrivelse den 15 maj 1943."

Vid årsmötet den 20 maj 1942 överlämnade doktor Ragnar Lindqvist ordförandeklubban till överste Årmann. I sitt avskedstal erindrade Lindqvist om att under en tid hade Jönköpings Flygklubb varit störst i landet.
Vid den här tiden började man också tala om lämpligheten av att bedriva klubbens arbete i sektioner, något som så småningom förverkligades.

Även positiva skrivelser anlände. Den 10 september 1942 kom följande skrivelse från KSAK.
"Sedan KSAK i samband med flygutställningen och flygdagen i Jönköping den 6 september fått intrycket att Jönköpings Flygklubb väl skulle kunna uppfylla de fordringar, som KSAK ställer på en flygklubb för att densamma skall kunna erhålla flygmaterial med statsanslag, har KSAK beslutat att tilldela Jönköpings Flygklubb ett av de flygplan, typ Grunau Baby, vilka avses försäljas med 80% statssanslag till ett mindre antal till KSAK anslutna klubbar under budgetåret 1942-1943."

I och med att Grunau Baby II B-2 levererades och provflögs av klubben i november 1942 hade segelflygningen kommit till Jönköping. Planet var lackerat gult med röd text. Det hade registreringsbeteckningen SE-SBY.
För det följande året rapporterades 139 starter med segelflygplan och 1446 med glidflygplan.

KSAK´s välvilja visade sig också i att Jönköpings Flygklubb erhöll tre stycken byggsatser för det moderna glidflygplanet SG-38 som skulle ersätta de gamla och slitna; Loppan och Zögling. Klubben hade genom privat initiativ fått tillgång till en bygglokal på Bäckalyckevägen, men den måste värmas upp. Den 20/7 1943 insände klubben en ansökan till Statens Bränslekommission om tillstånd att från Jönköpings Läns Skogsägarförening få inköpa 20 kubikmeter ved för uppvärmning av bygglokal för glidflygplan.

Vid samma tid skickades denna skrivelse från klubben:
"På uppdrag av Kristidsnämnden i Jönköpings stad översänder vi härmed ansökan om tilläggskort för arbetskläder åt vår flyginstruktör. Personkort..., bifogas."

Trots alla svårigheter och rådande brister av många slag byggdes de tre SG-38orna med en kvalitet som gjorde att de användes ända fram till 1955 för den grundläggande skolningen.

Mycket av verksamheten, och då framför allt skolningen av instruktörer, skedde i samarbete med segelflygskolan på Ålleberg. Vid något tillfälle kunde det också bli nödvändigt att transportera flygplan mellan Jönköping och Ålleberg, något som inte var utan problem vilket framgår av följande skrivelse från Statens Trafikkommission den 24 april 1944.

"...funnit skäl meddela Eder tillstånd att bruka lastbilen F 9524 för transport av ett segelflygplan från Jönköping till Ålleberg.
Kortaste lämpliga färdväg ska användas.
Detta tillstånd gäller endast under förutsättning att fordonets ägare av länstyrelsen erhållit särskilt tillstånd att förbruka smörjolja till fordonet ifråga.
Tillståndshavaren har att vid avfärd från bilens hemort uppvisa detta tillstånd för polismyndigheten därstädes, som har att å detsamma göra anteckning om att färden tagit sin början.
Denna skrivelse skall under färden medföras och på begäran uppvisa för polisman..."

Vissa tider var även glidflygning och segelflygning förbjudna på Jönköpings flygfällt, men i slutet av 1944 kunde man ana en ljusning och 2 september kom denna skrivelse från KSAK:

"På förkommen anledning meddelas, att segelflygverksamheten omedelbart får återupptagas sedan spärrningen avlägsnats på flygfält, som förut helt eller delvis varit spärrat.